Se si sperimenta con sistemi operativi alternativi, con ogni probabilità si conoscono i vari file system che impiegano. Poiché molti sistemi operativi alternativi riescono a leggere supporti formattati con FAT (o, più precisamente, FAT32), è facile dimenticare che, di norma, il contrario non è vero. Se si formatta un’unità flash USB con un file system alternativo, Windows non sarà in grado di accedere a tale unità. Nella maggior parte dei casi verrà visualizzato un messaggio che invita a formattare l’unità USB con un file system riconosciuto da Windows. Se si conferma, Windows riformatterà effettivamente l’unità, ma tutti i dati memorizzati con l’altro file system andranno perduti.